با آغاز انقلاب فرهنگی و بازگشایی دانشگاهها در سال 1362، "جهاد دانشگاهی" عهدهدار و متولی فعالیتهای فرهنگی دانشگاهها شد. از همان ابتدا نیز "فعالیتهای قرآنی" همواره به عنوان محور و شالوده اصلی فعالیتهای فرهنگی جهادگران دانشگاهی مطرح گرديد و مجموعه معاونت فرهنگی جهاد دانشگاهی نسبت به گسترش و تعمیق فعالیتها و برنامه های قرآنی در دانشگاهها توجه ویژهای مبذول داشت. این فعالیتها عملاً از سال 1364 با برگزاری نخستین دوره مسابقات سراسری قرآن کریم دانشجویان شکل منسجم و مشخصی به خود گرفت و فعالیتهای قرآنی جهاد دانشگاهی با تشکیل"دبیرخانه دائمی مسابقات قرآنی دانشجویان" وارد مرحله جدیدی شد. که ماحصل زحمات و تلاشهای همکاران و مسوولان این دبیرخانه در گسترش و بهینهسازی فعالیتهای قرآنی دانشگاهیان، نقش بسزایی ایفاء کرد.
گستردگی فعالیتهای قرآنی جهاد دانشگاهی تا به آنجا ادامه یافت که برای استمرار و تقویت این فعالیتها، ایجاد و استقرار مرکز مشخص و نظاممندی ضرورت پیدا کرد.
براساس این ضرورت و نیز عزم جدي مجموعه جهاد دانشگاهی در گسترش فعالیتهای قرآنی بود که مرکزی مستقل، با اساسنامه و تشکیلات مشخص در سال 1380 با عنوان "مرکز فعالیتهای قرآنی دانشجویان کشور" به تصویب هیأت امنای جهاد دانشگاهی رسید. پس از گذشت 5 سال و انجام فعالیتهای بیشمار در حوزه قرآنی، این مرکز وارد عرصه جدیدی شد و با عنوان «سازمان فعالیتهای قرآنی دانشجویان کشور» و سپس با نام «سازمان فعالیتهای قرآنی دانشگاهیان کشور» فعالیتهای خود را در سطح ملی و بینالمللی گسترش داد.
یکی از رویشهای اين سازمان تأسیس خبرگزاری قرآنی ایران (ایکنا)، به عنوان نخستین و تنها خبرگزاری تخصصی قرآن کریم در جهان، در سال 1382 است. این خبرگزاری پس از 10 سال فعالیت، با دارا بودن 18زبان، 6 شعبه بین المللی و 30 شعبه استانی نه تنها در ایران که در جهان اسلام نیز در نوع خود بی نظیر است.
با توجه به تنوع زبانی و رسالت جهانی خبرگزاری ایکنا و فعالیت گسترده این رسانه قرآنی در عرصه بین‌الملل، در اسفندماه سال 1391 نام این خبرگزاری با مجوز معاونت مطبوعاتی وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی به «خبرگزاری بینالمللی قرآن» تغییر یافت تا همچون خود قرآن، حلقه اتصال تمام مسلمانان در سراسر گیتی باشد.
همچنین از دیگر رویشهای این سازمان میتوان «پژوهشکده مطالعات میان رشتهای قرآن» و «مرکز رشد فناوریهای قرآنی» را نام برد.